Главный герой Silent Hill: Homecoming, солдат Алекс Шеппард, возвращается домой в родной городок Shepherd's Glen. Но вместо радушного приёма и прочих радостей мирной жизни он сталкивается с новыми трудностями. Большинство жителей бесследно пропали, а по пустынным улицам, затянутым густым туманом, разгуливают страшного вида создания. Немногие граждане, сохранившие рассудок, либо многозначительно говорят «Всё изменилось», либо сами находятся в полном неведении. Среди пропавших без вести оказываются младший брат Алекса, а также его отец. Конечно, вновь прибывший вояка не боится каких-то там демонов и отправляется на поиски родственников, попутно пытаясь разобраться в своём прошлом.